Первая мировая война разрушила все планы. За несколько дней опустела лаборатория. В английской армии сражался Марсден, а против него, в германской, — его друг и ближайший сотрудник Резерфорда Ганс Гейгер. На фронте погиб любимый ученик Резерфорда — Генри Мозли.
Резерфорд с несколькими лаборантами, бросив научные исследования, занялся созданием прибора для обнаружения подводных лодок.
Но в мыслях он постоянно возвращался к необычным результатам, полученным Марсденом перед самой войной. А что, если камера была откачана чисто? Что, если Марсден считал на экране не ядра атомов водорода? Но что тогда?
И Резерфорд, радуясь и страшась этой мысли, по ночам проверял опыты своего ученика. Много раз откачивал он камеру, в ней, казалось, уже не должно было остаться ни одного атома водорода. Но стоило Резер-форду заполнить ее азотом, как на экране снова появлялись вспышки.

Как ему не хватало в эти минуты его европейских друзей, как ему мешала война! Она не только разобщила ученых, но и затормозила развитие науки.
И Резерфорд писал своему другу, датскому физику Нильсу Бору, в конце 1916 года: «Я обнаруживаю и подсчитываю легкие атомы, приводимые в движение альфа-частицами, и эти результаты проливают яркий свет на характер и распределение сил вблизи ядра. Я пытаюсь таким же методом взломать атом».
И дальше, самое главное: «Я получил некоторые, как мне кажется, довольно удивительные результаты, но потребуется тяжелый и продолжительный труд, чтобы представить  надежные доказательства  моих выводов».
Что же это за «некоторые» результаты? Ни много ни мало, а первая в мире ядерная реакция! Первое искусственное расщепление альфа-частицей ядра азота, сопровождающееся вылетом более легкого ядра атома водорода.
Исследователь попеременно заполнял камеру то азотом, то воздухом, то чистым кислородом. И в первом, и во втором, и в третьем случаях экран выдавал присутствие ядер водорода. Но список исследованных элементов очень скоро оборвался — более тяжелые ядра были недоступны альфа-частицам малой энергии.
Резерфорду, однако, полученных результатов было вполне достаточно. Он уже не сомневался в том, что нашел ту самую положительно заряженную «деталь», которую включают в себя все атомные ядра.
Этот вывод подтверждался и теми учеными, которые тоже искали самую легкую частицу с положительным зарядом в разрядной трубке. Там в обратную сторону ->- от анода к катоду — двигался поток ионов газа, то есть двигались атомы с содранными электронами. И самой легкой частицей среди них оказалось ядро атома водорода, потерявшего свой единственный элек» трон.
Так «родилась» на свет вторая элементарная части» ца — протон — ядро атома водорода.
Протон в две тысячи раз тяжелее электрона. Он полностью соответствовал представлению ученых о возможном носителе положительного заряда в атоме, прекрасно ассоциируясь с огромной массой атомного ядра.
Открытию не сопутствовала ни борьба с канонами науки, ни преодоление психологического барьера. Можно сказать, что весь шум и всю кровь научных баталий взял на себя электрон.
И вот перед физиками лежали два основных «кирпича» материи. И физики вроде бы были этим весьма довольны. Любое вещество строилось у них из атомов, атомы же, в свою очередь, — из электронов н ядер.
Но и тут отыскалась логическая прореха. Ядро атома, несомненно, устойчиво, но вот как представить себе устойчивое ядро, состоящее из одних протонов? Ведь нельзя же, в самом деле, взять да и отменить электрическое отталкивание между частицами с зарядом одинакового знака!  
В те годы еще ничего не знали о ядерных сила к притяжения между частицами. Поэтому выход нашли в искусственной, чисто умозрительной конструкции, решив, что ядро содержит протоны плюс электроны, уравновешивающие электростатические силы.
До чего простая и вместе с тем приятная для глаза картина! О такой картине строения, мира можно только мечтать: никакой сутолоки десятков «простейших, неделимых» атомов. Вместо них —всего две элементарные частицы: легкий электрон и. тяжелый протон.